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facilidade.
TUTORIAL: DESENHO DE PRIMERS PARA RT-QPCR Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada.NCBI PRIMER BLAST
Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies O QUE É P-HACKING, DATA SNOOPING E DATA DREDGING COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
TUTORIAL: DESENHO DE PRIMERS PARA RT-QPCR Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada.NCBI PRIMER BLAST
Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies O QUE É P-HACKING, DATA SNOOPING E DATA DREDGING COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto.GALERIA – GALLERY
Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
CONTATO (FIND ME AT) Esse é apenas um pequeno resumo para a página Contato. Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. QPCR GENE EXPRESSION TUTORIAL Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de quantificação de expressão gênica. PROTOCOLOS | PENSEIRATRANSLATE THIS PAGE Posts sobre protocolos escritos por Thyago LC. Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. WELL, THAT WILL CAUSE SOME EYE-ROLLING: ALL BIOLOGY ISTRANSLATE THISPAGE
It wasn’t immediately clear to me, what I should write about. I tend to label myself a cancer researcher nowadays, but cancer research does not need any explanation why it matters – unfortunate as that is. At the same time, I am a computational biologist – and here I thought was a much bigger need to explain why it matters.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. CÁLCULO DA EFICIÊNCIA DE QPCR COM LINREGPCR Cálculo da Eficiência de qPCR com LinRegPCR. Recentemente gravei um vídeo ensinando como utilizar o software LinRegPCR para calcular a eficiência das reações de qPCR. Para quem trabalha com expressão gênica, um dos métodos de quantificação é a expressão relativa, a qual frequentemente é calculada pelo método de Livak e Schmittgen JUNHO | 2017 | PENSEIRA Publicado em 6 de junho de 2017. por Thyago LC. Resposta. Olá, Recentemente gravei um vídeo ensinando como utilizar o software LinRegPCR para calcular a eficiência das reações de qPCR. Para quem trabalha com expressão gênica, um dos métodos de quantificação é a expressão relativa, a qual frequentemente é calculada pelo métodode
10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. SISTEMAS DE ANOTAÇÕES| NOTE-TAKING SYSTEMS Sistemas de anotações| Note-taking systems – Parte 1. Publicado em 30 de março de 2017. por Thyago LC. Fazer anotações durante aulas, palestras ou até mesmo durante a leitura é uma das ferramentas cognitivas mais bem estabelecidas para o preparo dos estudos. Todavia, embora muitos de nós façamos uso diário dessa ferramenta, algumas PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
TUTORIAL: DESENHO DE PRIMERS PARA RT-QPCR Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada.NCBI PRIMER BLAST
Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies O QUE É P-HACKING, DATA SNOOPING E DATA DREDGING COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
TUTORIAL: DESENHO DE PRIMERS PARA RT-QPCR Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada.NCBI PRIMER BLAST
Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies O QUE É P-HACKING, DATA SNOOPING E DATA DREDGING COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto.GALERIA – GALLERY
Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
CONTATO (FIND ME AT) Esse é apenas um pequeno resumo para a página Contato. Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. QPCR GENE EXPRESSION TUTORIAL Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de quantificação de expressão gênica. PROTOCOLOS | PENSEIRATRANSLATE THIS PAGE Posts sobre protocolos escritos por Thyago LC. Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. WELL, THAT WILL CAUSE SOME EYE-ROLLING: ALL BIOLOGY ISTRANSLATE THISPAGE
It wasn’t immediately clear to me, what I should write about. I tend to label myself a cancer researcher nowadays, but cancer research does not need any explanation why it matters – unfortunate as that is. At the same time, I am a computational biologist – and here I thought was a much bigger need to explain why it matters.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. CÁLCULO DA EFICIÊNCIA DE QPCR COM LINREGPCR Cálculo da Eficiência de qPCR com LinRegPCR. Recentemente gravei um vídeo ensinando como utilizar o software LinRegPCR para calcular a eficiência das reações de qPCR. Para quem trabalha com expressão gênica, um dos métodos de quantificação é a expressão relativa, a qual frequentemente é calculada pelo método de Livak e Schmittgen JUNHO | 2017 | PENSEIRA Publicado em 6 de junho de 2017. por Thyago LC. Resposta. Olá, Recentemente gravei um vídeo ensinando como utilizar o software LinRegPCR para calcular a eficiência das reações de qPCR. Para quem trabalha com expressão gênica, um dos métodos de quantificação é a expressão relativa, a qual frequentemente é calculada pelo métodode
10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. SISTEMAS DE ANOTAÇÕES| NOTE-TAKING SYSTEMS Sistemas de anotações| Note-taking systems – Parte 1. Publicado em 30 de março de 2017. por Thyago LC. Fazer anotações durante aulas, palestras ou até mesmo durante a leitura é uma das ferramentas cognitivas mais bem estabelecidas para o preparo dos estudos. Todavia, embora muitos de nós façamos uso diário dessa ferramenta, algumasR | PENSEIRA
Apenas um post rápido para quem está tendo alguma dificuldade para instalar o R x64 e/ou RStudio no Linux Ubuntu. Antes de executar, é um bom hábito ler o código. Note que o código assume que a versão desejada é de 64 bits.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) IN SILICO | PENSEIRA Resposta. Olá, Para marcar meu retorno às atividades na rede, posto um vídeo em que ensino como prever a curva de dissociação de um produto de qPCR. Com isso, você pode saber se o que você obteve é realmente o esperado, ou se seu primer amplificou algo indesejado etc. Sobre a parte teórica necessária para interpretar resultados de COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto.OLIGO ANALYZER TOOL
Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. Essa é a minha primeira escolha para primers de média-grande complexidade e que uso diariamente, sem contar que já foram mais de 200 primers desenhados com este protocolo e/ou variações dele. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você.R | PENSEIRA
Apenas um post rápido para quem está tendo alguma dificuldade para instalar o R x64 e/ou RStudio no Linux Ubuntu. Antes de executar, é um bom hábito ler o código. Note que o código assume que a versão desejada é de 64 bits.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) IN SILICO | PENSEIRA Resposta. Olá, Para marcar meu retorno às atividades na rede, posto um vídeo em que ensino como prever a curva de dissociação de um produto de qPCR. Com isso, você pode saber se o que você obteve é realmente o esperado, ou se seu primer amplificou algo indesejado etc. Sobre a parte teórica necessária para interpretar resultados de COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto.OLIGO ANALYZER TOOL
Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. Essa é a minha primeira escolha para primers de média-grande complexidade e que uso diariamente, sem contar que já foram mais de 200 primers desenhados com este protocolo e/ou variações dele. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você.GALERIA – GALLERY
Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
CONTATO (FIND ME AT) Esse é apenas um pequeno resumo para a página Contato. Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. QPCR GENE EXPRESSION TUTORIAL Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de quantificação de expressão gênica. Claro que, com um pouco de conhecimento é possível otimizar os parâmetros eamplificar
BIOESTATÍSTICA
A Nature publicou ao longo de um tempo vários textos sobre bioestatística, abordando assuntos desde o desenho experimental até Teorema de Bayes e ANOVA.Eu recomendo fortemente a leitura de todos eles se você trabalha com biologia experimental, seja na pesquisa biomédica ou no campo da biologia comportamental, ecologia, ou qualquer disciplina quantitativa que dependa de estatística PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. IN SILICO | PENSEIRA Resposta. Olá, Para marcar meu retorno às atividades na rede, posto um vídeo em que ensino como prever a curva de dissociação de um produto de qPCR. Com isso, você pode saber se o que você obteve é realmente o esperado, ou se seu primer amplificou algo indesejado etc. Sobre a parte teórica necessária para interpretar resultados deHACK PESSOAL
Posts sobre hack pessoal escritos por Thyago LC. Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos.De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la deOLIGO ANALYZER TOOL
Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. Essa é a minha primeira escolha para primers de média-grande complexidade e que uso diariamente, sem contar que já foram mais de 200 primers desenhados com este protocolo e/ou variações dele. NATURE’S STATISTICS FOR BIOLOGISTS A Nature publicou ao longo de um tempo vários textos sobre bioestatística, abordando assuntos desde o desenho experimental até Teorema de Bayes e ANOVA. Eu recomendo fortemente a leitura de todos eles se você trabalha com biologia experimental, seja na pesquisa biomédica ou no campo da biologia comportamental, ecologia, ou qualquer disciplina quantitativa que dependa de estatísticaRNALATER CASEIRO
A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. Diante disso, aproveitando do fato que a patente doRNALater não é
PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. ESTUDOS | PENSEIRATRANSLATE THIS PAGE Posts sobre estudos escritos por Thyago LC. Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos.De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma queTRUQUES | PENSEIRA
Dicas e truques no RStudio (tips and tricks) Se você utiliza o R através do Rstudio ficará feliz em saber que existem vários truques e atalhos para otimizar alguns comandos básicos. Abaixo, compilei uma lista com alguns dos mais interessantes. Ao longo das atualizações do software, compilarei novas listas. JANEIRO | 2018 | PENSEIRA Pesquisadores identificaram falhas nos microprocessadores que comprometem a segurança de computadores no mundo todo. As duas falhas, nomeadas de Meltdown e Spectre, permitem invasores acessarem partes da memória protegidas pelo microprocessador, isto é, acesso à informações sensíveis. Além disso, a falha também afetasmartphones
DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. MAIO | 2017 | PENSEIRA 1 post publicado por Thyago LC durante May 2017. Apenas um post rápido para quem está tendo alguma dificuldade para instalar o R x64 e/ou RStudio no Linux Ubuntu. Antes de executar, é PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. ESTUDOS | PENSEIRATRANSLATE THIS PAGE Posts sobre estudos escritos por Thyago LC. Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos.De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma queTRUQUES | PENSEIRA
Dicas e truques no RStudio (tips and tricks) Se você utiliza o R através do Rstudio ficará feliz em saber que existem vários truques e atalhos para otimizar alguns comandos básicos. Abaixo, compilei uma lista com alguns dos mais interessantes. Ao longo das atualizações do software, compilarei novas listas. JANEIRO | 2018 | PENSEIRA Pesquisadores identificaram falhas nos microprocessadores que comprometem a segurança de computadores no mundo todo. As duas falhas, nomeadas de Meltdown e Spectre, permitem invasores acessarem partes da memória protegidas pelo microprocessador, isto é, acesso à informações sensíveis. Além disso, a falha também afetasmartphones
DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. MAIO | 2017 | PENSEIRA 1 post publicado por Thyago LC durante May 2017. Apenas um post rápido para quem está tendo alguma dificuldade para instalar o R x64 e/ou RStudio no Linux Ubuntu. Antes de executar, éGALERIA – GALLERY
Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
TUTORIAL | PENSEIRA
A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um poucosuperfaturado.
ESTUDOS | PENSEIRATRANSLATE THIS PAGE Posts sobre estudos escritos por Thyago LC. Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos.De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que JANEIRO | 2018 | PENSEIRA Pesquisadores identificaram falhas nos microprocessadores que comprometem a segurança de computadores no mundo todo. As duas falhas, nomeadas de Meltdown e Spectre, permitem invasores acessarem partes da memória protegidas pelo microprocessador, isto é, acesso à informações sensíveis. Além disso, a falha também afetasmartphones
BLAST | PENSEIRATRANSLATE THIS PAGE Para marcar meu retorno às atividades na rede, posto um vídeo em que ensino como prever a curva de dissociação de um produto de qPCR. Com isso, você pode saber se o que você obteve é realmente o esperado, ou se seu primer amplificou algo indesejado etc. Sobre a parte teórica necessária para interpretar resultados de qPCR e realizarDISSOCIATION CURVE
Posts sobre dissociation curve escritos por Thyago LC. Olá, Para marcar meu retorno às atividades na rede, posto um vídeo em que ensino como prever a curva de dissociação de um produto de qPCR.TRUQUES | PENSEIRA
Dicas e truques no RStudio (tips and tricks) Se você utiliza o R através do Rstudio ficará feliz em saber que existem vários truques e atalhos para otimizar alguns comandos básicos. Abaixo, compilei uma lista com alguns dos mais interessantes. Ao longo das atualizações do software, compilarei novas listas. IN SILICO | PENSEIRA Resposta. Olá, Para marcar meu retorno às atividades na rede, posto um vídeo em que ensino como prever a curva de dissociação de um produto de qPCR. Com isso, você pode saber se o que você obteve é realmente o esperado, ou se seu primer amplificou algo indesejado etc. Sobre a parte teórica necessária para interpretar resultados de JUNHO | 2017 | PENSEIRA Publicado em 6 de junho de 2017. por Thyago LC. Resposta. Olá, Recentemente gravei um vídeo ensinando como utilizar o software LinRegPCR para calcular a eficiência das reações de qPCR. Para quem trabalha com expressão gênica, um dos métodos de quantificação é a expressão relativa, a qual frequentemente é calculada pelo métodode
10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. RNASEZAP / (RNASE AWAY) CASEIRO Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. Como a solução comercial DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos ABRIL | 2017 | PENSEIRA Publicado em 13 de abril de 2017. por Thyago LC. Resposta. I couldn’t agree more! Fica a dica! Pacotes pessoais no R. Not So Standard Deviations. I came across this R package on GitHub, and it made me so excited that I decided to write a post about it. It’s a compilation by Karl Broman of various R functions that he’s foundhelpful to
COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. RNASEZAP / (RNASE AWAY) CASEIRO Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. Como a solução comercial DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos ABRIL | 2017 | PENSEIRA Publicado em 13 de abril de 2017. por Thyago LC. Resposta. I couldn’t agree more! Fica a dica! Pacotes pessoais no R. Not So Standard Deviations. I came across this R package on GitHub, and it made me so excited that I decided to write a post about it. It’s a compilation by Karl Broman of various R functions that he’s foundhelpful to
COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você.BIOESTATÍSTICA
A Nature publicou ao longo de um tempo vários textos sobre bioestatística, abordando assuntos desde o desenho experimental até Teorema de Bayes e ANOVA.Eu recomendo fortemente a leitura de todos eles se você trabalha com biologia experimental, seja na pesquisa biomédica ou no campo da biologia comportamental, ecologia, ou qualquer disciplina quantitativa que dependa de estatísticaBIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. QPCR GENE EXPRESSION TUTORIAL Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de quantificação de expressão gênica. Claro que, com um pouco de conhecimento é possível otimizar os parâmetros eamplificar
EDUCAÇÃO E INFORMAÇÃO livro de Alex Reinhart. Você já ouviu falar dos termos P-hacking, P-fishing ou data snooping? Mesmo que não tenha ouvido, é provável que depois de ler este texto você reconheça alguma dessas práticas. Na minha experiência fazendo Ciência, eu já presenciei algumas pessoas cometendo esse tipo de erro; inclusive, até não muito tempoRNALATER CASEIRO
A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. Diante disso, aproveitando do fato que a patente doRNALater não é
NCBI PRIMER BLAST
Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer.HARKING | PENSEIRA
Você já ouviu falar dos termos P-hacking, P-fishing ou data snooping?Mesmo que não tenha ouvido, é provável que depois de ler este texto você reconheça alguma dessas práticas.TRUQUES | PENSEIRA
Dicas e truques no RStudio (tips and tricks) Se você utiliza o R através do Rstudio ficará feliz em saber que existem vários truques e atalhos para otimizar alguns comandos básicos. Abaixo, compilei uma lista com alguns dos mais interessantes. Ao longo das atualizações do software, compilarei novas listas. MAIO | 2017 | PENSEIRA 1 post publicado por Thyago LC durante May 2017. Apenas um post rápido para quem está tendo alguma dificuldade para instalar o R x64 e/ou RStudio no Linux Ubuntu. Antes de executar, é 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. RNASEZAP / (RNASE AWAY) CASEIRO Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. Como a solução comercial DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos ABRIL | 2017 | PENSEIRA Publicado em 13 de abril de 2017. por Thyago LC. Resposta. I couldn’t agree more! Fica a dica! Pacotes pessoais no R. Not So Standard Deviations. I came across this R package on GitHub, and it made me so excited that I decided to write a post about it. It’s a compilation by Karl Broman of various R functions that he’s foundhelpful to
DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você. PROTOCOLOS | PENSEIRA Publicado em 21 de outubro de 2018. por Thyago LC. 1. A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado.BIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. RNASEZAP / (RNASE AWAY) CASEIRO Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. Como a solução comercial DIY RNASE-AWAY SOLUTION Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao RNAseZap.Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extremafacilidade.
O QUE É O P-VALOR? (P-VALUE) 1. O p-valor é a probabilidade da hipótese nula ser verdadeira. É o erro mais comum, uma vez que para calcular o p-valor, consideramos que a hipótese nula é verdadeira. Portanto, é ilógico calcular a sua probabilidade. Além disso, esse equívoco deixa uma impressão que apenas este p-valor é suficiente para determinar se estamos certos ABRIL | 2017 | PENSEIRA Publicado em 13 de abril de 2017. por Thyago LC. Resposta. I couldn’t agree more! Fica a dica! Pacotes pessoais no R. Not So Standard Deviations. I came across this R package on GitHub, and it made me so excited that I decided to write a post about it. It’s a compilation by Karl Broman of various R functions that he’s foundhelpful to
DICAS E TRUQUES NO RSTUDIO (TIPS AND TRICKS) COMO O SCI-HUB FUNCIONA Olá, Aproveitando a repercursão que o Sci-Hub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto. AGOSTO | 2017 | PENSEIRA Privacidade e cookies: Esse site utiliza cookies. Ao continuar a usar este site, você concorda com seu uso. Para saber mais, inclusive sobre como controlar os cookies, consulte aqui: Política de cookies 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você.BIOESTATÍSTICA
A Nature publicou ao longo de um tempo vários textos sobre bioestatística, abordando assuntos desde o desenho experimental até Teorema de Bayes e ANOVA.Eu recomendo fortemente a leitura de todos eles se você trabalha com biologia experimental, seja na pesquisa biomédica ou no campo da biologia comportamental, ecologia, ou qualquer disciplina quantitativa que dependa de estatísticaBIOINFORMÁTICA
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. QPCR GENE EXPRESSION TUTORIAL Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de quantificação de expressão gênica. Claro que, com um pouco de conhecimento é possível otimizar os parâmetros eamplificar
EDUCAÇÃO E INFORMAÇÃO livro de Alex Reinhart. Você já ouviu falar dos termos P-hacking, P-fishing ou data snooping? Mesmo que não tenha ouvido, é provável que depois de ler este texto você reconheça alguma dessas práticas. Na minha experiência fazendo Ciência, eu já presenciei algumas pessoas cometendo esse tipo de erro; inclusive, até não muito tempoRNALATER CASEIRO
A solução RNALater da Ambion é muito utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. Diante disso, aproveitando do fato que a patente doRNALater não é
NCBI PRIMER BLAST
Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer.HARKING | PENSEIRA
Você já ouviu falar dos termos P-hacking, P-fishing ou data snooping?Mesmo que não tenha ouvido, é provável que depois de ler este texto você reconheça alguma dessas práticas.TRUQUES | PENSEIRA
Dicas e truques no RStudio (tips and tricks) Se você utiliza o R através do Rstudio ficará feliz em saber que existem vários truques e atalhos para otimizar alguns comandos básicos. Abaixo, compilei uma lista com alguns dos mais interessantes. Ao longo das atualizações do software, compilarei novas listas. MAIO | 2017 | PENSEIRA 1 post publicado por Thyago LC durante May 2017. Apenas um post rápido para quem está tendo alguma dificuldade para instalar o R x64 e/ou RStudio no Linux Ubuntu. Antes de executar, é 10 DICAS DE COMO FAZER ANOTAÇÕES MAIS …TRANSLATE THIS PAGE Muitas pessoas fazem algum tipo de anotação durante aulas, palestras, seminários etc. Algumas delas gostam de transcrever tudo o que está sendo dito, outras copiam desesperadamente os slides, e outras já anotam somente tópicos/títulos. De uma forma ou de outra, isso tem como objetivo captar a informação de uma fonte e guardá-la de forma que faça algum sentido para você.PENSEIRA
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Publicado em 26 de novembro de 2017por Thyago LC
7
Sci-Hub off-line? Teste alguns desses espelhos: _Sci-Hub off-line? Try out these mirrors:_ _LAST UPDATE: May 18th, 2019._ Check the status of the other mirrors here: https://whereisscihub.now.sh/go LAST WORKING DOMAINS.http://sci-hub.se/
https://sci-hub.fun
https://sci-hub.se/
https:// sci-hub.tw
https://sci-hub.mu/
http ://sci-hub.is/
http:// sci-hub.tw
80.82.77.84
80 .82.77.83
https://sci-hub.nu/
http://sci-hub.hk
http://sci-hub.cn/
http://sci-hub.ga/
http://sci-hub.gq/
http://sci-hub.is/
http://sci-hub.ws/
http://sci-hub.nu/
https://sci.libgen.pw/sci-hub.la
http://sci-hub.mn/
http://sci-hub.name/http://sci-hub.tv
https://scihub22266oqcxt.onion.link/ http://tree.sci-hub.la/http://sci-hub.bz
http://sci-hub.io
http://sci-hub.cc
http://sci-hub.ac
http://cyber.sci-hub.bz http://ocean.sci-hub.bz http://moscow.sci-hub.bz http://gen.lib.rus.ec/scimag http://com.sci-hub.cc/ http://org.sci-hub.cc/ http://secure.sci-hub.cc/ http://ololo.sci-hub.cc/ http://moscow.sci-hub.cc/ http://https.sci-hub.cc/ http://twin.sci-hub.cc/ http://cyber.sci-hub.cc/ http://zeze.sci-hub.cc/ http://dabamirror.sci-hub.cc/ scihub22266oqcxt.onion Outra alternativa é enviar o DOI ou link do artigo para esse bot do Sci-Hub no TELEGRAM: _Try Sci-Hub’s Telegram chatbot:_ https://telegram.me/scihubot Quer contribuir para o projeto? Envie sua contribuição para esteendereço Bitcoin:
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RNASEZAP / (RNASE AWAY) CASEIRO – HOMEMADE Publicado em 27 de outubro de 2018por Thyago LC
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Seguindo a lógica do meu outro post sobre como preparar RNALater no seu próprio laboratório, agora deixo aqui uma versão similar ao _RNAseZap_. Essa solução é utilizada para limpar superfícies como bancadas, micropipetas e outros objetos para inativação de nucleases, como a RNAse, as quais podem degradar RNA com extrema facilidade. Como a solução comercial é bastante superfaturada, acredito que muitos se beneficiarão de fazê-la no seu próprio laboratório e gastar o dinheiro em algo melhor. Continuar lendo →ESPALHE POR AÍ:
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O QUE É P-HACKING, DATA SNOOPING E DATA DREDGING Publicado em 21 de outubro de 2018por Thyago LC
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_Statistics Done Wrong: The Woefully Complete Guide_ Ótimo livro de Alex Reinhart. Você já ouviu falar dos termos_ P-hacking, P-fishing ou data snooping_? Mesmo que não tenha ouvido, é provável que depois de ler este texto você reconheça alguma dessas práticas. Na minha experiência fazendo Ciência, eu já presenciei algumas pessoas cometendo esse tipo de erro; inclusive, até não muito tempo, eu também não sabia o quão errado era essa prática e como é fácil cometê-la inconscientemente.Continuar lendo →
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RNALATER CASEIRO – HOMEMADE RNALATER Publicado em 21 de outubro de 2018por Thyago LC
1
A solução RNALater da Ambioné muito
utilizada para preservar a integridade do RNA antes da extração. Ela é usada em tecidos animais, vegetais e em suspensões de células. Todavia, como muitos reagentes usados nas ciências biomédicas, o RNALater é um pouco superfaturado. Diante disso, aproveitando do fato que a patente do RNALater não é ofuscada, deixo abaixo a receita de como FAZER A SOLUÇÃO NO SEU PRÓPRIO LABORATÓRIO. Lembrando que é importante testar a solução em paralelo com a comercial se você não possui os reagentes com grau de pureza necessário. Continuar lendo →ESPALHE POR AÍ:
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8 MITOS SOBRE A HANSENÍASE Publicado em 27 de agosto de 2018por Thyago LC
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Antes de trabalhar com a hanseníase, eu acreditava em alguns mitos e equívocos a respeito dessa doença. Diante disso, resolvi escrever esta postagem para tentar esclarecer alguns pontos importantes sobre essa doença ainda tão incompreendida.CONTINUAR LENDO →
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| Deixe uma resposta BASIC STATISTICS PART 4: UNDERSTANDING P VALUES Publicado em 1 de fevereiro de 2018por Thyago LC
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> A very good explanation of P values from a fellow Biologist! Really > pleasant reading that accurately describes the importance of this > metric in Science. The Logic of Science If you’ve ever read a scientific paper, you’ve probably seen a statement like, “There was a significant difference between the groups (P = 0.002)” or “there was not a significant correlation between the variables (P = 0.1138),” but you may not have known exactly what those numbers actually mean. Despite their prevalence and wide-spread use, many people don’t understand what P values actually are or how to deal with the information that they give you, and understanding P values is vital if you want to be able to comprehend scientific results. Therefore, I am going to give a simple explanation of how P values work and how you should read them. I will try to avoid any complex math so that the basic concepts are easy for everyone to understand even if math isn’t your forte. _Note: for the sake of this post, I am not going to enter into…_Ver o post original
3.908 mais palavras
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TUTORIAL: DESENHO DE PRIMERS PARA QPCR | QPCR PRIMER DESIGN TUTORIALVÍDEO
Resposta
Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR). Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. Essa é a minha primeira escolha para primers de média-grande complexidade e que uso diariamente, sem contar que já foram mais de 200 primers desenhados com este protocolo e/ou variações dele. Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de QUANTIFICAÇÃO DE EXPRESSÃO GÊNICA. Claro que, com um pouco de conhecimento é possível otimizar os parâmetros e amplificar DNA genômico (gDNA) tanto por qPCR quanto por PCR convencional. Todavia, atente-se que esses alvos não são favorecidos usando as configurações demonstradas aqui. São dois vídeos, o primeiro é denominado como “Easy Case”, uma vez que trata-se de um gene fácil de trabalhar. O segundo vídeo é uma demonstração do desenho de primers para um gene mais trabalhoso, o qual requer muito mais testes para obtenção de um primer específico e ótimo. _Por ora, apenas o primeiro vídeo encontra-se editado e online, assim que o segundo vídeo ficar disponível esta postagem será atualizada. Contudo, eles são independentes. _ PART 1 – PRIMER DESIGN FOR QPCR GENE EXPRESSION WITH NCBI’S PRIMERBLAST TOOL – EASY CASE THOROUGHLY! PART 2 – PRIMER DESIGN FOR QPCR GENE EXPRESSION WITH NCBI’S PRIMER BLAST TOOL – HARD CASE – DEMO. ***** COMING SOON ***** Tem alguma dúvida? Deixe um comentário! _Do you have any questions? Please, leave a comment! _ESPALHE POR AÍ:
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Curtir Carregando... 7 de janeiro de 2018por Thyago LC
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, ncbi primer blast
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analyzer tool
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design thorough
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primer mfe , qpcr
gene expression tutorialDeixe uma resposta
FALHAS GERAM VULNERABILIDADE NOS PROCESSADORES INTEL, AMD E ARM Publicado em 5 de janeiro de 2018por Thyago LC
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Pesquisadores identificaram falhas nos microprocessadores que comprometem a segurança de computadores no mundo todo. As duas falhas, nomeadas de _Meltdown_ e _Spectre,_ permitem invasores acessarem partes da memória protegidas pelo microprocessador, isto é, acesso à informações sensíveis. Além disso, a falha também afeta _smartphones, _servidores em nuvem (ex. Amazon AWS, Azure etc.) e computadores pessoais. Continuar lendo →ESPALHE POR AÍ:
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, flaw
, intel
, meltdown
, spectre
, vulnerabilidade
microprocessadores
| Deixe uma resposta NATURE’S STATISTICS FOR BIOLOGISTS | BIOESTATÍSTICA PARA BIÓLOGOS Publicado em 4 de dezembro de 2017por Thyago LC
Resposta
_Image: ILLUSTRATION BY PETE ELLIS/DRAWGOOD.COM from Nature_
A _Nature_ publicou ao longo de um tempo vários textos sobre bioestatística, abordando assuntos desde o DESENHO EXPERIMENTAL até TEOREMA DE BAYES e ANOVA. Eu recomendo fortemente a leitura de todos eles se você trabalha com biologia experimental, seja na pesquisa biomédica ou no campo da biologia comportamental, ecologia, ou qualquer disciplina quantitativa que dependa de estatística inferencial. Abaixo o link da publicação original. Caso algum dos artigos esteja indisponível, deixe um comentário e eu disponibilizarei o arquivo. https://www.nature.com/collections/qghhqm/pointsofsignificanceBoa leitura!
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bioestatística
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8 ERROS COMUNS NA ANÁLISE DE DADOS DE EXPRESSÃO GÊNICA OBTIDOS POR PCR EM TEMPO REAL (QPCR) Publicado em 29 de outubro de 2017por Thyago LC
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Os dados produzidos por experimentos com PCR convencional são em sua maioria qualitativos, no máximo, semi-quantitativos. Por outro lado, com o advento da PCR em tempo real e seus dados quantitativos, novos desafios sobre como analisar esses dados surgiram. O que antes era relatado como banda visível ou invisível, ou seja, amplificação e não amplificação, perdeu lugar para expressão relativa, valor indeterminado, amplificação no _Ct X_ com _threshold _em 0.02, entre várias outras possibilidades. Em se tratando de qPCR para quantificação da expressão gênica, onde métodos ainda mais elaborados são necessários, alguns erros comumente são cometidos. Com isso, devemos ser cautelosos com a forma com que os dados gerados por essa técnica são analisados, uma vez que algumas particularidades podem fazer grande diferença nos resultados obtidos. Neste _post_ irei falar de alguns erros comuns que tenho visto quando se tratando da análise e apresentação dos dados de qPCR, especialmente para estudos de expressão gênica. Ao mesmo tempo, tento sugerir referências que possam auxiliar nesse processo. Se você tem alguma dúvida, fique a vontade para comentar.Continuar lendo →
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